惜别小西天，沿石阶小路顺从而下，便步入了神秘谷景区。神秘谷两侧悬崖当空，谷中冷风习习，偶有动物啼鸣，加之林木掩映，不见蓝天，确有几分神秘，几分惊险。据说九山顶四人谜团除佛光山佛光之谜外，其余三大谜团，如北冰洋小鱼之谜，东陵大盗宝库之谜，魔窟寒风之谜均在这里。夏季遇雨，这里先升云雾，冬日偶见谷底升烟，春秋常见谷中彩虹，深夜可闻猫头鹰吼叫等奇异景像，更增添了神秘谷的神秘与离奇。在神秘谷中，自上而下有羚羊洞、玄机制、连环洞、熊洞、寒风洞等洞穴景观。