香港的跨境巴士使用皇岗口岸、深圳湾口岸等往返香港及中国大陆。在皇岗口岸除了有往来落马洲与皇岗的皇巴士外，还有直通跨境巴士往来皇岗口岸与元朗锦上路站、湾仔码头、旺角（跨境全日通）、荃湾站（中港直通快线）、观塘蓝田站及尖沙咀柯士甸道（24小时跨境快线）。除此之外，还有一些由香港出发经皇岗、深圳湾口岸、文锦渡及沙头角前往广州、中山、佛山、新会、顺德、福建等地的长途巴士。