保护区地面峰峦星罗棋布，每平方公里有山峰多达80多座，一般的也有20多座，海拔均在400-600米。有的山峰重迭成峰 ，而且山中溶洞繁多，洞内山水厅奇观待于开发旅游。

保护区植被，属北热带石灰岩山地常绿雨季林，植物种类繁多，计有166科673属1282种。乔灌木树种500多种，优良速生树就有50多种，其中珍贵树种，如：枧木、金丝李、椎木、密花美登木、金花茶等就多达10多种。药用植物714种，纤维植物130多种，油脂和蜡类植物56种，橡胶植物31种，芳香参?8种，野果植物43种，饮料植物13种，饲料植物82种，染料植物14种，蜜源植物17种，有毒及农业植物35种。在碳酸盐溶岩地区有如此种类繁多，而且异常茂盛的植被，在世界上实为罕见。此外，保护区内动物资源也十分丰富，计有21目52科117种和亚种。其中兽类有7目16科20种；鸟类有10目26科73种；爬行类有3目6科17种；两栖类有1目4科7种。列入国家一类保护动物的珍贵白头叶猴计有300多只，占世界总存活量的一半；国家二类保护动物的，有黑叶猴、冠斑犀鸟；国家三类保护动物的，有弥猴、大灵猫、穿山甲、麝、南蛇、苏门羚、白鹅、原鸡等。如此丰富多彩的自然生态体系，无疑是难得的科研基地，也是旅游的好地方。

近年来，在保护区修建了富有民族特色的高级有宾馆--花山民族山寨，木楼内设豪华客厅、餐厅、舞厅等服务设施，并备有各类游船为往返花山及保护区游览的游客提供服务。