金鹿寺原先藏有的珍贵文物明永乐二十一年（1423年）永乐皇帝下敕谕一道，赐铜印一枚，蟒袍一套，象牙碗六对，珊瑚树两株，金佛四尊。明嘉靖三十七年（1558年）曾遭哈砸部劫掠。

　　于清康熙二十六年（1687年）由互助佑宁寺僧人根登罗哲搬到现址重新修建了这座寺院，清康熙三十年（1691年）建成显宗学院（讲经院），从而形成一座乐都地区藏传佛教格鲁派寺院。清廷赐名“福祥寺”，康熙皇帝赐“福寿”斗字金匾一桢。同治年间陕甘总督左宗堂资助修缮，并题“护国渡世”匾额一桢。