长岛自古被誉为“候鸟驿站”，每年春、秋两季，数以万计的候鸟迁徙至此栖息、取食、繁殖。据调查，长岛自然保护区内鸟类有13目、50科、319种，占全国鸟类1329种的24%，占山东省鸟类的76%。其中中日两国候鸟保护协定所列鸟类227种，长岛有158种，占70%；中澳两国政府签订的"保护候鸟及其栖息环境的协定"双方保护鸟类81种，长岛有46种，占56.9%；世界“濒危动物红皮书”所列的国际重点保护鸟类，长岛有11种。长岛鸟类中属国家一级保护的有丹顶鹤、白鹳、黑鹳、金雕、大鸨、白鹤、中华秋沙鸭、白尾海雕等9种；属国家二级保护的有大天鹅、鸳鸯、游隼、蜂鹰、苍鹰、燕隼、鹰号鸟 、长耳号 鸟 、短耳号鸟 、草号鸟 等40种。