花桥慈济宫始建於宋绍兴年间（1131—1162年）。祀北宋泉州名医吴本（979—1036军）字华基、号云冲。闽台尊称吴真人、大道公、花桥公、保生大帝。据史志载,其一生“以医名天下，以济人救物为念，而义不取人一钱”、“业医无贵贱，按病授药,如矢破的”。花桥为其生前行医故址。

清光绪四年（1878年），泉州绅士及商民于花桥宫内倡设泉郡施药局，博采药源，广施民众，以弘扬吴真人业医济世、扶危济困之精神。光绪六年（1880年）改称泉州府施药局。

光绪二十三年（1897年），泉郡鼠疫猖獗,花桥宫施棺舍药、恤孤扶贫,做了大量救死扶伤、济困赈灾公益善举。是年，改称花桥宫善举公所。施药局隶属善举公所下辖单位，以赠药施医为主,兼办施棺、度岁（年关救济）、平粜赈灾等慈善事业。百余年来深获社会各界善信、热心家和海内外侨胞、港澳台同胞及宗教界人士支持赞助,常年不断捐款送药奉献爱心。