万福寺创建于唐贞元五年(公元789)。自唐以后，历代兴废不一，明朝时期多次修建，明万历四十二年(1614)皇帝御赐"万福禅寺"匾额。1928年，寺被山洪冲毁。近年来，福建省佛教协会成立了修建委员会，对万福寺进行了修复。 清顺治九年(1652)，日本长崎华僧所建的兴福寺住持逸然及唐三寺各位护法，多次度海联名邀请该寺的隐元东渡弘扬佛法。

1654年5月隐元率领徒众三十人南行，7月5 日抵达日本长崎。到达日本后，又得到天皇和德川幕府德川家康将军的优待，在京都宇治赐地建立寺庙。新寺建成后，隐元不忘故山，命名黄檗山万福寺，并创立一新宗派，与日本原有的临济、曹洞并立，称为黄檗宗。后来日本黄檗宗僧侣就称福建的祖寺为"古黄檗"，称京都的新寺为"新黄檗"。日本黄檗山的建筑规模、丛林制度和宗教仪式等，完全仿照福清黄檗山的形式，今犹保存三百年前隐元时代的规模。

1979年，日本黄檗宗各寺以宗议会议长吉井鸠峰为团长，组成"古黄檗拜塔友好访华团"，来到福州黄檗山万福寺拜塔礼祖，恢复了中断已久的中日两国黄檗山佛教的友好联系。其后，"日中友好临黄(临济与黄檗)协会"又多次组团来华访问。1983年，他们在黄檗山建立了一座"日本黄檗山万福寺开山隐元禅师东渡振锡之地"碑以作纪念。

万福寺是日本很少的中国禅宗寺庙之一，由中国禅宗大师隐元在17世纪修建，带有明代的建筑风格。这座庙融合了中国设计的要素，内供脸庞丰满的佛像。菩萨像圆胖可爱的孩童，完全不像日本的佛像。万福寺还有许多僧侣在生活工作，还以它的菜美食出名