日本奈良药师寺乃日本法相宗大本山。药师寺与兴教寺历来保持着友好交往关系。药师寺曾于1990年为纪念玄奘大师圆寂一千三百三十五周年，捐款兴建兴教寺卧佛殿。此后，每年均率日本法相宗信徒来寺院参拜。为中日佛教文化交流做了很大贡献!

药师寺是在680年建造的。仅存的初建筑为优雅的东塔，而西塔和正殿则是新近重新修建的，为了尽可能地忠实原建筑，仍然涂成与原来一样的朱砂色、白色和绿色。药师寺几乎囊括了许多当时好和著名的工艺，特别是药师三人行的雕像--东方极乐世界的君主和他的两个侍从。