圈养区位于园区的西部，占地13万平方米，包括动物馆舍14座，分别是猴苑、金丝猴馆、灵长类馆、大熊猫馆、小熊猫馆、大象馆、鹦鹉馆、澳美区、白虎馆、猛禽区、两栖爬行馆、鹿苑、火烈鸟馆、河马馆；水禽湖四座：天鹅湖、雁鸭湖、鸳鸯湖、涉禽湿地；及动物表演场两座：可容纳3000人的综合表演场及容纳1000人的海洋动物表演场；以及招商引资兴建的小小动物乐园，展出小矮马、宠物犬、小羊、松鼠猴、珍珠鸡等小动物深受儿童喜爱。并且建有便于游人休息，就餐的快餐店、中餐店及咖啡厅、便利店。

大部分以馆区笼舍为单位进行圈养，动物类别较杂，有哺乳动物、有鸟类、有两栖动物及爬行动物等。分19个区馆，共计98种，3028头（只）。

分为羊山、猴苑、秦岭动物区、灵长类馆、金丝猴馆、大象馆、河马馆、熊猫馆、雉鸡园、天鹅湖、火烈鸟湿地、涉禽湿地、雁鸭湖、鸳鸯池、鹦鹉馆、猛禽区、白虎馆、小小儿童乐园等。