出天王殿，便见金山寺主体建筑大雄宝殿耸立。大雄宝殿为1985年重建，1990年落成。“大雄宝殿”四字为赵朴初题写，高悬殿额，大雄宝殿歇山重檐，雕梁画栋，黄墙红柱，金色琉璃屋面，白石柱础栏杆，气势雄伟庄严。

大殿为正方形，高25米，深24.6米，内36根子柱擎立。由于大殿在原址向后移八米，殿前更为开阔。大殿设计兼有北方宫廷雄浑富丽气势与南方园林精美雅致的风格。大殿外墙书"庄严国土，利乐有情"八字。殿内正噗释迦牟尼佛，阿弥陀佛和药师佛分立两侧，两旁六十八罗汉，背面为海岛观音像，两旁站立善财童子、龙女，中有金山寺德云比丘，金山寺海岛图也在其中，特别引人。大殿上方四周圈棚列56尊罗汉。大殿外墙镶六扇檀香木雕圆窗，每一扇画面都是与佛教相关的历史人物和故事，有三扇讲的是与金山寺有关的三则故事。毁于1948年春大火的原大雄宝殿为明代建筑。