广东省微生物研究所（Guangdong Institute Of Microbiology）隶属于广东省科学院，是热带亚热带区域特色与优势的微生物学科专业科研机构；重点科研领域包括微生物资源多样性与前期开发、微生物生态与环境污染控制、微生物危害及其检测与控制、微生物分子育种及生物转化、食药用菌生物技术与人类健康五个方面。

广东省微生物研究所前身是1954年成立的中科院中南真菌研究室，于1964年经国家科委批准成立。1972年改为现名。

根据2017年1月研究所官网显示，广东省微生物研究所有人员208人，其中专业技术人员172人，高级职称人员42人。拥有10万元以上仪器设备70多台（套），原值4000多万元。专业馆藏科技书刊2万余册，其中外文书刊1万多册。有在读研究生71名，其中博士生22名。