中科院水生生物博物馆投资2400万元，历时两年多建设而成，建筑面积5000平方米，并专门开辟了“水生生物 世界的奥妙”科普展览，其中有活化石矛尾鱼，国家一级保护动物中华鲟、白鲟、白鳍豚；二级保护动物江豚、山瑞鳖、大鲵、胭脂鱼和扬子鳄等。

中国科学院水生生物博物馆的前身淡水鱼类博物馆自1930年建立以来，除作为东亚淡水鱼类的研究中心外，还担负着科普教育的任务，并一直对国内外各类人员开放。