早在1465年，柏林大教堂的现址附近已经有一座教堂，当时是霍恩措伦（Haus Hohenzollern）王宫的一部分。

1747年，在此基础上，约翰·鲍曼（Johann Boumann）又设计建造了一座巴罗克式风格的大教堂做为普鲁士王室的宫廷教堂。

1822年它被卡尔·申克尔（Karl Friedrich Schinkel）改造成古典主义风格。

1894年，德国皇帝威廉二世下令拆毁这座教堂，并由尤利乌斯·拉什多夫（Julius Raschdorff）重新设计建造了带有文艺复兴式风格的柏林大教堂，作为基督教新教（路德教宗）的大教堂与罗马的圣彼得大教堂相抗衡。这座教堂始建于1894年，1905年建成。 威廉二世皇帝非常重视这座教堂的建造，亲自参加了该教堂的开幕式。

第二次世界大战期间，柏林大教堂遭到严重破坏。战后人们搭起临时的棚子来保护大教堂。修复工作从1975年开始直到1993年。

1993年教堂重新开放。重建后教堂原先的很多设计和装饰被简化了。

2005年2月10日，为纪念柏林大教堂建成100周年，德国邮政发行了一枚面值0.95欧元的纪念邮票。