国家考古博物馆(Museo Archeologico Nazionale)由波旁皇族(Bourbon)的查尔斯(Charles)在18世纪后期建造，国家考古博物馆主要用来收藏他母亲伊丽莎白凡尼斯(Elizabeth Farnese)留下来的古董。所珍藏的罗马时代古文物的规模堪称欧洲首屈一指，国家考古博物馆收藏了许多希腊、埃及黄金时代的画像、雕刻、青铜器等古物，其中包括从庞贝(Pompeii)和赫库兰尼姆(Herculaneum)城发掘出来的珍宝，亦有伊特拉斯坎人(Etruscan)的波几亚(Borgia)收藏以及埃及人的遗物。

国家考古博物馆内设美术馆，有拉斐尔、齐齐亚诺等人的名画。1楼主要展示雕像、石棺等；3楼展示精美的镶嵌画《亚历山大大帝大战波斯皇帝大流士》，是一系列细致描述动物、日常生活、音乐家甚至柏拉图和他的学生对答的画像。2楼除了依年代展示许多湿壁画之外，还有珍贵的玻璃皿、珠宝饰品等。地下室则是陈列埃及美术工艺品的展示区。