在一个平静的午后，恐龙岛上穿越而来三个“神秘人”，他们就是心怀鬼胎的胡博士、恐龙迷龙小飞和小机器人啵啵，机缘巧合下碰到了食草恐龙们，在食肉恐龙的冲撞下和胡博士走散的啵啵和小飞与小恐龙憨憨结下了深厚的友谊。原本就暗涌波动的恐龙岛因三人的到来迅速激化了双方矛盾，原形毕露的胡博士为了一己私利与食肉恐龙狼狈为奸肆意破坏恐龙岛，恐龙岛危在旦夕…龙小飞啵啵和憨憨该如何拯救他们赖以生存的家园？

龙小飞是被大家公认的“恐龙迷”，一次偶然的机会与心怀鬼胎的胡博士重返侏罗纪时代登上了神秘的恐龙岛！

恐龙岛上生存这三角龙、副栉龙、肿头龙和憨憨这些食草恐龙，也同样生存着霸王龙和他的手下翼龙、窃蛋龙这些食肉恐龙。这些恐龙种族之间多年积攒的矛盾在这三个不速之客的到来下不断地激化。在这过程中，小恐龙憨憨与龙小飞和小机器人波波结下了深厚的友谊，也正是这股友谊的力量迫使波波违背胡博士迫害恐龙岛的命令，与正义站在了一起！胡博士的偷蛋计划失败却导致所有恐龙们站在了同一战线，团结一致抵抗外来侵略。憨憨原谅了龙威，食草恐龙与食肉恐龙化敌为友，龙小飞圆了自己的恐龙梦，波波也终于明白什么是真正的朋友！至于坏博士，也受到了应有的惩罚！